(一)病因
慢性进行性眼外肌麻痹的特点是进行性上睑下垂和眼球运动有限。其病变部位可能在肌肉和神经-肌肉结合、周围神经和脑神经核。其原因包括创伤、毒素、退行性变、传染因子、遗传疾病和肿瘤。
(二)发病机制
本病的发病机制有四种理论：
1.肌营养不良理论 Fuchs首先提出这种疾病是一种肌营养不良，之后，Silex、Sandier、SamualGartner与Edwin Billet、Kiloh及Nevin都报道了眼外肌病理组织的疾病，发现眼纤维肿胀和脂肪退行性变化、水平线消失、纤维组织增生，不同于神经源性肌肉萎缩，后者肌纤维皱缩，但仍保持其原始性质，水平线不消失，因此肌肉源性理论近20年来得到了更多学者的认可。
2.神经核变性理论 Mobius和Saenger报告23例，认为该病是由支配眼球运动的神经核变性引起的，属于核麻痹(nuclear palsy)。Langden与CadwMader最早获得尸体解剖病例，发现三种神经核的神经细胞数量减少，细胞大小不同。Ledlowski还有1例病理检查，发现动眼、滑车、展神经核的细胞数减少，细胞形状皱缩，部分细胞核移到周围，尼氏小体粉碎，Perlia核和Edjnger-Westphal核正常，中脑内外神经纤维经纤维也是正常的。因此提倡神经源性疾病，以后一直以神经源性理论为主。
3.神经-肌肉变性理论 最近发现这种疾病可以合并小脑和脑神经的症状。进行性眼外肌麻痹可继发于脑神经核变性，导致眼外肌纤维萎缩变性。因此，临床上有眼肌麻痹附加病(ophthalmoplegia plus)，Kearns-sayre命名或分类为眼头颅神经肌病伴不均匀红纤维。
4.代谢缺陷理论 目前，人们认为该疾病是由肌细胞能量代谢的先天性缺陷引起的，但代谢紊乱的具体环节尚未确定。最近，通过电子显微镜观察，发现病变肌纤维中钙堆积过多，认为钙代谢异常是发病过程的关键环节。在病程早期，病变肌细胞没有明确的形态变化，肌细胞膜渗透性缺陷，导致肌酶细胞溢出，一段时间后，肌细胞损伤，肌纤维厚度明显不同，病变纤维不规则分布在正常肌纤维之间，水平线消失，空气泡形成、玻璃变性和结缔组织增生，导致肌肉弹性和收缩，导致眼球运动障碍。
