脓液是肛瘘最常见的症状。一般来说，脓液流量并不完全固定，这与患者瘘管的长度密切相关。此外，肛瘘患者也会出现瘙痒等症状。以下是肛瘘的主要症状：
肛瘘患者的第一个症状是肛周脓液，瘘管的长度不同，所以脓液的数量也不同。新瘘管脓液较多，分泌物刺激皮肤，瘙痒不适。当外口堵塞或假愈合时，瘘管内脓液积累，局部肿胀疼痛，甚至发烧，封闭的瘘管破裂，症状开始消失。少量脓液、血液和粘液分泌物流出肛瘘是主要症状。较大的高肛瘘，由于瘘管位于括约肌外，不受括约肌的控制，粪便和气体经常排出。由于分泌物的刺激，肛门潮湿、瘙痒，有时形成湿疹。当外口愈合，瘘管脓肿形成时，可感到明显疼痛，并伴有发热、寒颤、疲劳等全身感染症状，脓肿破裂或切开引流.症状缓解。上述症状的反复发作是瘘管的临床特点。
此外，肛瘘患者还会出现疼痛、肿胀、灼烧、瘙痒等症状。瘘管通畅，无炎症，常无疼痛，只感到局部肿胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不良，肿胀发炎时，会引起疼痛。内瘘经常感到直肠下部和肛门灼热不适，排泄粪便时感到疼痛。由于脓液不断刺激肛周皮肤，瘙痒常感到瘙痒、肛周潮湿不适、皮肤变色、表皮脱落、纤维组织增生增厚，有时形成湿疹。
除上述两种症状外，肛瘘还会出现排便不良、发热、贫血等全身症状。复杂的肛瘘长期不愈合，会导致肛肠周围形成大的纤维疤痕或环状电缆，影响肛门的舒张和闭合，排便困难，有无尽的排便感。急性炎症期和复杂肛瘘反复发作时，全身症状可出现不同程度的发热，或伴有消瘦、贫血、身体虚弱等长期慢性消费症状。
肛瘘患者的脓液粘度非常明显，偶尔也会出现血液症状。与其他肛肠疾病相比，肛瘘的症状一般相对典型，与肛裂和痔疮有很大差异，必须及时治疗。
