由于大多数眼结石是由炎症引起的，预防措施落在预防眼炎上，重点是避免结膜刺激和炎症，眼睛不及时寻求治疗。通常养成健康的眼部卫生习惯，不要揉眼睛，保持眼睛湿润，随时准备滴眼药水，也能防止异物进入眼睛。
隐形眼镜配戴者，要注意镜片的消毒保养，定期检查眼睛，若不适合配戴隐形眼镜，绝对不要勉强尝试。野外工作及居住环境易受风沙肆虐的人，最好能配戴保护的眼镜，避免风沙直接吹入眼睛。眼结石虽然只是结膜的小病变，但却是一个"危险信号"，注意眼结膜的健康。
慢性角膜炎患者和老年人常见眼结石。要真正预防，首先要根除炎症。
