肠炎的病因很多，主要原因如下：
1、病毒性肠炎
病毒性肠炎见于犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬冠状病毒、猫泛白细胞减少病毒等引起的肠炎。
在病毒性肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要原因，诺瓦克病毒是成人和病毒性胃肠炎的主要病因。
2、细菌性肠炎
细菌性肠炎包括大肠杆菌、沙门氏菌、耶尔森氏菌(引起小肠结肠炎)、毛样产芽菌、空肠弯曲菌、梭菌(犬出血性胃肠炎)等。
痢疾杆菌是细菌性肠炎最常见的致病菌，其次是空肠弯曲菌和沙门氏菌。
3、真菌性肠炎
真菌性肠炎见组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的肠炎。
白色念珠菌最常引起真菌性肠炎。
4、寄生虫肠炎
寄生虫性肠炎见鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等引起的肠炎。
阿米巴在溶组织中更常见于寄生虫引起的肠炎。
5、肠炎是由饮食引起的
食用异物、污染或腐败食品、刺激性化学物质（毒品或药物等）、一些重金属中毒、一些异常反应（嗜酸性细胞肠炎、浆细胞淋巴细胞肠炎）可引起肠炎。
6、肠炎是由药物引起的
抗生素滥用改变了肠道微生物系统或抗生素菌株引起的肠炎。
此外，不规律的休息和过度的精神紧张也是这种疾病的原因之一。肠炎的病因也不明。
