(一)病因
真正的原因尚不清楚，这似乎与骨生长旺盛期干骺端的局限性骨化不良有关。一些作者提出，干骺端松质骨或髓腔出血是单发囊肿的原因；另一个理论是囊肿壁系统中的各种原始胚层成分，因此囊肿来自发育障碍的肿瘤组织；或者快速生长的松质骨可以产生骨囊肿。一些作者认为，骨囊肿是机械外力损伤细胞间液循环阻结果。
(二)发病机制
囊壁，如蛋壳的厚度，使囊的外观呈蓝色，因为囊内的液体。切开囊壁，流出草黄色液体。如果最近发生病理性骨折，液体可以是血性的。除反复骨折的囊腔内有纤维间隔外，一般为单房。囊壁内有骨锝。腔内衬托一层1mm左右结缔组织膜呈红棕色。
病理上没有特异性。纤维膜是一种结缔组织，包括巨细胞、吞噬细胞、铁血黄素棕色颗粒和黄色瘤细胞。囊壁骨折后形成的反应性新骨也可见。
