晚期先天性梅毒主要侵犯皮肤、骨骼、牙齿、眼睛和神经。
①皮肤粘膜损害：可发生树胶肿，可引起上腭，鼻中隔穿孔，鞍鼻(鼻深塌陷，鼻头肥大翘起如同马鞍)。鞍鼻患者同时可见双眼间距离增宽，鼻孔外翻。鞍鼻一般在7-8岁出现，15-16岁时明显;
②骨骼:骨膜炎、骨炎、骨痛，尤其是晚上。骨膜炎常累及腔管，常局限于此，可引起骨前肥厚，呈弓形，故称佩刀胫(胫骨中部肥厚，向前凸出)，关节积水，通常为膝关节积液，轻度强直，无疼痛，具有特点。
③梅毒牙(郝秦生Hutchinson齿)其特点是恒齿的两个中门齿游离缘狭窄，中心有半月形缺陷，患齿短，前后径增大，齿角钝园，齿列不整。第一颗臼齿形状小，牙尖集中在咬合面中部，形状像桑椹，称为桑椹齿。
④梅毒性角膜炎：晚期先天性梅毒有50种％；这种病变可能发生。眼睛的实质性角膜炎约为95％；梅毒。本病多为双侧性，也可先发生在一侧，再发生在另一侧。
⑤神经性耳聋：是由迷路引起的迷路炎。常见于15岁以下患者，通常侵入两只耳朵，突然发病，中、轻、重，可伴有头晕和耳鸣。
