吸收不良综合征的病因很多，分类方法也很多，通常根据病因和发病机制分为以下几类：
一、 原发性吸收不良综合征
小肠粘膜(吸收细胞)有一定的缺陷或异常，影响粘膜上皮细胞吸收和转移的营养。包括乳糜泻(coeliac disease)热带口炎性乳糜泻(tropicsprue)等。
二、继发性吸收综合征不良
(一)消化不良
胰腺缺乏症，胰腺萎缩
胆汁缺乏症
3、肠粘膜酶缺乏 如先天性乳糖酶缺乏症。
(二)吸收不良
小肠
二、小肠粘膜病，包括新感染性、射性、药物性(秋水仙等)。
三、whipple病等。
甲状腺功能亢进4.
淋巴管梗阻(创伤、肿瘤、结核病等)。
