(一)治疗
对MC目前还没有特效药物治疗。大多数学者认为，MC随着便秘症状的改善和泻药的停用，大量脂褐素通过溶酶体消化分解，是一种良性可逆的非炎症性肠粘膜病变，MC的色素沉着可减轻甚至消失。因此，建议多食蔬菜、水果及纤维丰富的饮食，以及多喝水、多锻炼，以减少便秘或排便困难，养成良好的排便习惯，停用或不用含有色素的泻药而改用油性的缓泻剂，必要时使用胃肠动力药和微生态制剂等药物治疗缓解便秘，可减少MC发病和逆转已经发生的病变。应治疗直肠前突、直肠内套叠等可能引起黑变的原因，如直肠前突修复、内套固定等。已确诊为MC患者应定期随访结肠镜检查，及时发现伴有的结肠息肉、腺瘤和结肠癌，并在早期内镜下进行高频电切或手术根除治疗。但对于没有泻药史的患者，治疗方法有待进一步讨论。
(二)预后
大多数学者认为结肠黑变病是一种良性可逆性损伤，可与结肠癌并存，定期随访结肠镜检查是非常必要的。
