(一)病因
变性杆菌是肠杆菌科的细菌，革兰染色为阴性，与人类感染有关的主要是普通变形杆菌和奇异变形杆菌。变形杆菌具有明显的多形性，可呈球形或丝状，周鞭毛。它在普通培养基上生长良好，具有迁徙生长的重要特征。培养物有一种特殊的气味。溶血现象可见于血琼脂培养基。变形杆菌可存在于土壤、污水和肠道中。员工的手和设备是一种常见的传播方式。
(二)发病机制
类似于其他革兰阴性杆菌肺炎，主要是吸入口咽部定植的变形杆菌。正常人很少携带这种细菌，老年人，使用抗酸剂或H2胃液是由受体阻滞剂引起的pH随着病情的增加，个人卫生状况不佳，胃肠道手术人员，口咽变形杆菌的定植增加。当身体抵抗力下降，吸入更多的细菌和更强的毒性时，肺炎就会发生。
尸检可见受累肺变密，部分可见多发性脓肿，甚至大腔，胸腔积液罕见，镜下可见实变肺泡腔填充红细胞、混合渗出单核细胞和多形核中性粒细胞，部分患者肺泡壁结构损伤，肺泡萎缩肺容积缩小，肺泡损伤死区炎性细胞多为中性粒细胞。
