肛瘘的诊断并不难，但要正确找到瘘管的方向，瘘管的内口并不容易。因此，掌握正确的检查方法是非常重要的。
如何正确诊断肛瘘①肛窦钩检查：通过窥镜伸入肛门，可以看到肛窦有红肿和炎症，大多数内口都在这里。用肛窦钩反复检查肛窦，不难找到内口。探测时避免暴力，以免穿透正常的肛窦，引起新的感染。
如何正确诊断肛瘘②探针检查：用探针从瘘管口伸入瘘管，食指伸入肛管。大多数探针可以穿过牙线的内口。对于瘘管弯曲的人，探针不能顺利通过。不要用力过猛，使探针穿过瘘管壁，引起新的感染。
如何正确诊断肛瘘③美蓝标记：将适中的纱布放入肛门，然后将其放入肛门5％亚甲蓝水溶液从外口注入瘘管，然后轻轻拉出纱布观察内口的位置。然后，用窥镜扩大肛门，在牙线附近，颜色最明显，通过肛窦钩或探针探测，大多数可以找到内口。
如何正确诊断肛瘘④其他：如X线检查、肛管压力测定等检查方法使用较少，有条件的也可以使用。
