孤独症需要与其他的广泛性发育障碍以及其他儿童常见精神神经疾病进行鉴别。
1. 阿斯伯格综合征(AS)阿斯伯格综合征是一种广泛的发育障碍，儿童有社会交流障碍和重复僵化的行为，但语言和认知能力正常，大多数AS儿童可能在认知的某些方面表现出非凡的表现，对文本、地图、统计表和列车时刻表的记忆。虽然语言能力很正常，但仍然可以找到AS儿童口语异常，让人觉得语言迂腐，过于正式，看起来像是在炫耀文字。笨拙的动作是AS学校很难与学生建立友谊，通常只在学龄期发现。更容易与高功能自闭症混淆。识别的重点是高功能自闭症儿童语言发育迟缓，而AS儿童语言发育没有明显落后。
2. 广泛性发育障碍未注明(PDD-NOS) 这种诊断通常用于诊断轻度或非典型自闭症。
3. Rett综合征 Rett女孩只看到综合征，孩子早期发育正常，大约在6-24疾病发展通常经历四个阶段，早期疾病停滞(6-18月)、快速倒退阶段(1-4假性停滞阶段(学前)-早期学龄和晚期运动衰退(5-15岁)。自闭症表现在第一阶段和第二阶段，包括语言功能丧失和特征特征僵硬"洗手"动作和智力明显下降，通风过度。但该病儿童在第三、第四阶段表现出明显的神经系统症状和体征，如肌肉张力下降、躯干共济紊乱和失用、脊柱侧突和后突，严重儿童出现强直状态，大多数病例伴有癫痫发作。这可以用自闭症来识别。
4. 儿童瓦解性精神障碍 瓦解性精神障碍又称婴儿痴呆或婴儿痴呆Heller综合征，儿童在至少两岁之前发育正常。之后，语言、社交网络、游戏和适应能力明显而快速下降，尿失禁，早期患者和自闭症的识别相当困难。
5. 儿童精神发育迟滞(MR) 部分MR儿童可表现为自闭症症状，大多数自闭症儿童也表现为精神发育迟缓。可根据自闭症儿童的社会障碍、行为特征和一些特殊认知能力进行识别。
6. 儿童精神分裂症 自闭症儿童的某些行为类似于精神分裂症，但自闭症儿童没有妄想和幻觉，不难识别。
7. 其他需要自闭症鉴别的疾病包括注意缺陷多动障碍、严重学习障碍、选择性沉默症、感性语言发育障碍等。
