扁桃体炎的致病原体主要是溶血性链球菌，也可由葡萄球菌、肺炎球菌、流感杆菌和病毒引起。病原体通过直接接触飞沫等方式进入，通常隐藏在扁桃体巢中。当人体因疲劳、感冒等原因导致抵抗力减弱时，病原体会迅速引起疾病。炎症从巢开始，然后整个扁桃体迅速接触到巢，导致扁桃体炎症，扁桃体实质性充血，粘膜表面有黄色和白色斑点。扁桃体明显肿胀，并可形成大多数小脓肿。巢由纤维素、脱落的上皮和细胞组成的脓性渗出物排出到巢口，因此在巢口可以看到脓点。慢性炎症的病理变化明显，淋巴细胞、网状细胞增生活跃，扁桃体肥大。巢内粘膜皮增厚，表面角化过度或形成小溃疡。角化物、炎性渗出物、脱落的皮细胞、白细胞等混合物形成干细胞，长期炎症难以取代，长期炎症性疤痕淋巴结疤痕所取代。
