1.阴茎梅毒 阴茎头部和包皮无痛性溃疡，肉芽呈紫红色，边缘高硬，类似于阴茎癌的早期表现。但有冶炼历史，血清梅毒螺旋体凝血试验(teponema pallidum hemoagglutination)TPHA梅毒螺旋体可以通过检查溃疡分泌物的阴暗视野来检测阳性。
2.阴茎结核 病变主要位于阴茎头、系带和尿道外口。大约三分之二开始是溃疡，边缘清晰，溃疡底部覆盖着一层酪坏死组织，下面是新鲜的肉芽组织。大约三分之一开始是结核结节，逐渐发展为溃疡，有些可以形成瘘管。如果病变涉及阴茎海绵体和纤维疤痕，阴茎就会弯曲。分泌物涂片、培养或动物接种、结核杆菌或局部活组织检测为结核病变。
3.阴茎阿米巴病 阴茎头溃疡，表面出血，有分泌物，可误认为阴茎癌早期。但在溃疡渗出物和局部活组织检查中可以发现阿米巴原虫和阿米巴包囊。
4.软原体为杜克雷链杆菌，经不洁性交感染。常发生在阴茎头或会阴，开始出现小红色丘疹，然后变成脓疮、扩张、溃疡，形成卵圆形或圆形溃疡，深度不同，有轻微触痛，严重阴茎坏死。腹股沟淋巴结可肿胀、疼痛、化脓、溃疡。杜克雷菌苗皮肤试验呈阳性，分泌物可直接涂片或培养。
5.凯腊增殖性红斑 阴茎头和包皮有明显的深红色圆形斑块，也有硬结或溃疡，常被误认为是阴茎癌的早期癌变，但病理检查表现为表皮棘细胞不良增生，真皮淋巴细胞浸润。
6.阴茎博温病 是阴茎头部鳞状丘疹斑或红色鳞片斑，边界清晰，或浅表溃疡和阴茎癌早期难以识别。连续切片病理组织学检查，表皮内鳞状细胞癌为博温病，癌细胞侵入真皮，为阴茎鳞状上皮癌。
7.阴茎角化 阴茎角化早期阴茎头硬化，逐渐生长脱屑，但不破裂。病理组织学检查显示乳头鳞状上皮细胞团块，有许多棘细胞，基膜肥厚。
8.阴茎尖锐湿疣 阴茎冠状沟病毒感染引起上皮细胞增生的肿瘤病变可形成溃疡，与早期阴茎癌混淆。然而，病理组织学检查显示，上皮呈乳头状增生，表皮向下延伸，棘细胞层增厚，大多数核分裂。但没有不典型和多形的细胞生长，更不用说渗透性生长了。
9.阴茎乳头状瘤:本病是阴茎常见的良性肿瘤。刚开始是小局部隆起，逐渐增大为乳头状，有蒂或无蒂，红色或浅红色，质地柔软，生长缓慢。继发感染者可有恶臭分泌物，容易误为阴茎癌。可以通过活检来鉴别。
10.阴茎角：属一种慢性增殖性疾病。局部突起呈条状、柱状生长，灰褐色或黄色，边缘清楚，或干硬如羊角，或头缩尖锐。虽呈增生性组织改变，但无癌细胞生长，赖病检可资 鉴别。
11.阴茎硬结：该病多发生在阴茎海绵体，主要发生在局部纤维结节中。虽然肿块坚韧，境界不清，但硬度差，生长缓慢，表面光滑，活动性强，溃疡和腹股沟淋巴结肿大较少。不难识别阴茎癌。
