1.细菌性肝脓肿 起病急，多为寒战和放松性高热，体温可达39～41℃;肝脏区域或上腹部疼痛有时涉及肩膀；当肝脏肿大时，肋骨边缘下有明显的疼痛，肋骨之间有固定的压痛区域；白细胞计数增加，核向左移动；血细菌培养一半阳性；B超：呈蜂窝状低回声网状结构或液性暗区，病变边缘多模糊，回声粗糙、不规则;CT：它是一个圆形或类似圆形的低密度区域。虽然密度与囊肿相似，但静注造影剂增强后，脓肿周围一般增强，形成增强环，增强多室性囊肿的分离；如果病变周围有靶点或双靶点，则为特征性肝脓肿CT表现。B超引导下诊断性穿刺抽出脓可诊断。
2.阿米巴肝脓肿发病缓慢，病程长，低热，发病前有痢疾史，肝肿明显，压痛明显；血清免疫试验呈阳性；B超、CT细菌性肝脓肿等影像学表现相似；B巧克力样脓液可在超引导下诊断性穿刺。
3.肝包虫病 患者多来自牧区，病情缓慢，上腹部常有隐痛，上腹部肿块质地不同，囊性感或韧性；有时会触及特征性的昆虫囊震颤征(hydatid thrill);血象可表现为嗜酸性粒细胞增多；间接凝血试验和补体试验阳性，皮肤过敏试验阳性率较高，但假阳性较多；B超:病变囊壁多为双层结构，壁厚，囊腔内可有不同大小的圆形暗区(子囊)。如果在圆形暗区，包括小圆形暗区(大囊套小囊)，则是包虫病的特征。当内囊脱落时，可以看到囊腔内的水睡莲征；CT：囊壁呈密度略高的环状阴影，多数囊肿可见密度较高的母囊和密度较低的子囊同时存在于囊腔内，为肝包虫病的特征性表现。
4.肝肿瘤 主要通过影像学诊断来鉴别：①肝囊腺瘤或囊腺癌：B囊腔以无回声区为主，但囊壁不仅整齐，而且局部乳头状相对强回声突入囊腔。如果是恶性的，可以看到不规则絮凝块的实质性结构回声可以在随访腔内出现，逐渐充满囊腔，转化为囊实混合的不均匀混乱回声；②当转移性肝癌和部分原发性肝癌出现中央液化坏死时，B可见增强光团区周围有一层低回声暗圈，光团中心有另一个无回声或低回声区，即所谓的靶征或牛眼征(bull eye sign)。
5.大肝囊肿有时需要与胰腺囊肿、胆总管囊肿、肾积水、肠系膜囊肿、大卵巢囊肿等相鉴别。B超、CT等等，不难鉴别。
