1.脑损伤 排除分娩损伤、脑炎、脑膜炎和药物中毒。生活在自然环境缺碘区，表现出各种碘摄入不足，身体会出现一系列障碍，加上实验室检查指标，无分娩损伤、脑炎、脑膜炎、药物中毒等病史，可诊断为甲状腺功能减退。
2.甲状腺功能减退的其他原因 排除甲状腺功能减退的其他原因，如：
(1)甲状腺激素生成障碍:属于常染色体遗传病，患者常有家族史，甲状腺肿大为弥漫性、柔软性，很少发展为结节性。高氯酸钾排泌试验诊断碘有机化障碍，正常值2h排泌＜5％，病人往往＞10％。
(2)激素抵抗:甲状腺激素抵抗综合征(syndrome of resistance to thyroid hormone，SRTH)也称为甲状腺激素不应症或甲状腺激素不敏感综合征(thyroid hormone insensitivity syndrome，THIS)，这种疾病常见于家发病，少数为散发病例，约占1/3。发病年龄多为儿童和青少年，最小的为新生儿，男女性别均可发病。临床表现T4和T3同时继续上升TSH正常情况下，患者没有药物、非甲状腺疾病和甲状腺激素转移的异常影响。最特殊的表现是在给患者超生理剂量的甲状腺激素后无法抑制上升TSH在正常情况下，外周组织对过量甲状腺激素没有反应。
3.慢甲炎和Graves病 慢甲炎和Graves由于淋巴细胞分泌促甲状腺激素受体的抗体，该病属于自身免疫性甲状腺疾病(TSH receptor antibody，TRAb)，TRAb刺激甲状腺滤泡增生和功能亢进，临床表现为毒性弥漫性甲状腺肿、浸润性眼病和胫骨前粘液水肿。甲状腺本身的抗体TGAb和TPOAb支持慢性甲状腺炎的诊断。
4.聋哑症 一般聋哑无智力障碍，尿碘不减少，T131I不高，无其他缺碘表现。
