沙眼衣原体新生儿肺炎主要见于2～12周新生儿和婴儿婴儿没有发烧，最初的症状通常是鼻炎、鼻粘液分泌物和鼻塞。然后发展为间歇性咳嗽、呼吸急促、肺声、心肌炎和胸积液。一半的儿童可能伴有急性包涵性结膜炎。成人免疫抑制患者可见咽炎、支气管炎、肺炎等呼吸道感染，可有干咳、发烧、肌痛、寒战、咯血和胸痛。X线是间质浸润，也可见支气管肺炎或网状、结节阴影。
沙眼衣原体肺部感染的临床症状及X线性能无特异性，因此诊断取决于实验室诊断。
1.最可靠的方法是培养沙眼衣原体，培养鼻咽或咽后壁拭子、气管和支气管吸出物、肺泡灌洗液等标本。新生儿沙眼衣原体肺炎可同时培养和(或)涂片直接荧光(DFA)检测沙眼衣原体。沙眼衣原体特异性单克隆抗体可用于分离。
2.应用PCR检测上述标本对诊断有很大帮助，但要注意质量控制，防止假阳性结果。
3.微量免疫荧光试验(MIF)它是目前世界上最常用的沙眼衣原体血清学诊断方法，特别适用于新生儿和婴儿沙眼衣原体肺炎的诊断，因为可以检测到高水平的非母体血清IgM抗体(不通过胎盘屏障)。血清学诊断标准为:MIF试验IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，排除类风湿因子(RF)假阳性后可诊断为近期感染，双血清抗体滴度4倍以上也可诊断为近期感染。
