治疗男性不育症最重要的是明确病因，需要明确患者类型。必须注意的是，男性不育症的病因非常复杂，即使在治疗中也是如此。例如，如果精子减少引起的不育症，我们必须注意生精。以下是男性不育症的常见治疗方法：
一、免疫治疗
男性不育的治疗应用外科手术切除生殖管道局部的损伤病灶，减少抗精子抗体的产生，同时使用免疫制剂，可取得较好疗效。
二、治疗性功能障碍
积极治疗性功能障碍，保持正常的性生活。先天性输精管缺乏、输精管阻塞和输精管结扎应积极手术。
三、内分泌治疗
长期庚酸睾酮主要用于治疗促性腺激素低下的性腺功能低下。少精子症的治疗应以性激素药物为主HCG和HMG治疗促性腺激素低下症。
四、人工授精
男性不孕症的治疗应用各种物理和生物化学技术来处理精液，提高精子怀孕能力，进行夫精人工授精(AIH)。无精子症患者应用精液冷藏技术进行人工授精AID。
以上几个方面都是治疗的重点，除了最后一定的治疗方法外，以上三点都是根据病因决定的。事实上，当病因明确时，绝大多数患者可以治愈男性不育症，但也有例外。