临床症状无特异性，常有食欲不振、厌食、体重减轻或不增加、上腹胀疼痛伴呕吐/或腹泻，黄疸罕见。腹部肿胀是肝母细胞瘤儿童的常见症状。孩子的父母经常注意到或通过体检发现上腹部肿块，绝大多数患者因腹部肿胀而接受治疗。
体征主要包括面色苍白、腹部肿胀和肝脏肿胀。右上腹部可触及肿胀的肝脏。质地坚硬，表面光滑。成年人可到达盆腔、肿瘤结节并伴有疼痛。黄疸和腹水可发生在晚期。其他症状包括发育不良和易激。
部分男性肝母细胞瘤患儿以性早熟为出发症状，发病率为2.3％，由于肿瘤细胞成人绒毛膜促性腺激素，表现为生殖器增大、声调低沉、阴毛生长等(HCG)。
根据患者年龄较小，有的儿童出生后不久就会出现腹部肿胀、厌食、腹胀、体重减轻、腹部肿块或伴有早熟，AFP成像学证实肝内占位性肿块可结合辅助检查进行诊断，活组织病理检查可明确诊断。
