阴茎癌的确切病因尚不清楚。目前，包皮过长、包茎和包皮垢的理论更为公认。包皮环切术通常与宗教有关，而阴茎癌有包茎，而不是包皮环切术25％～75％。在犹太民族，新生儿进行包皮环切术，阴茎癌罕见，伊斯兰民族3～5年行包皮环切术，其阴茎癌发病率明显低于未行包皮环切术的人群。
在美国，阴茎癌的发病率为1/10万，包皮环切术阴茎癌的风险为1/600。包皮和阴茎头的长期刺激是阴茎癌的最重要原因。一般来说，包皮环切术在成年后不能预防阴茎癌的发生，因为它受到了包皮鳞片的长期刺激。到目前为止，还没有发现包皮鳞片是致癌物的确切依据。
实验证实，马的包皮垢是在鼠皮下接种的，导致皮肤癌；人的包皮垢涂在鼠宫颈和阴道壁上，可诱发鼠宫颈癌，但也有报道称未诱发癌症。
此外，许多癌前病变可恶化为阴茎癌，如阴茎白斑、干性阴茎头炎、阴茎角、病毒性皮肤病（尖锐湿疣、巨大尖锐湿疣）。而增生性红斑（或凯腊增生性红斑），鲍文细胞丘疹是阴茎原位癌病变。
阴茎癌是男性疾病中常见的一种。通过了解其病因，更容易了解其易患疾病的症状，及时做好预防工作。阴茎癌患者必须及时接受治疗，不缓病情，加强阴茎的日常卫生和护理。
