肺炎衣原体感染的潜伏期是15～23 天，可引起上呼吸道感染，如鼻窦炎、中耳炎和咽炎，也可引起下呼吸道感染，但后者主要是支气管炎和肺炎。肺炎衣原体肺炎是衣原体肺部感染的主要形式。与鹦鹉热肺炎不同，本病患者无病鸟接触史。肺炎衣原体呼吸道感染主要表现为咽痛、发烧、咳嗽（主要是干咳）、胸痛、头痛、不适和疲劳。受影响的肺叶可以听到声音。但再感染患者的呼吸道症状往往较轻，发展较少为肺炎。老年肺炎衣原体肺炎患者的临床表现可能更严重，有时是致命的，特别是当细菌感染或慢性阻塞性肺疾病等基本疾病。
肺炎衣原体肺部感染的临床症状及X线性无特异性，不能与其他非典型肺炎不同，尤其是肺炎支原体肺炎，因此诊断取决于实验室诊断。最可靠的方法是培养肺炎衣原体，培养鼻咽或咽后壁拭子、气管和支气管吸出物、肺泡灌洗液等标本。胰酶和(或)乙二胺四乙酸钠最近报道(EDTA)处理后的标本肺炎衣原体分离率大大提高。肺炎衣原体的特异性单克隆抗体可用于识别分离物。但由于肺炎衣原体的培养要求较高，一般实验室难以实现。PCR检测上述标本对诊断有很大帮助，但要注意质量控制，防止假阳性结果。微量免疫荧光试验(MIF)是目前世界上最常用的肺炎衣原体血清学诊断方法。除性病门诊患者和妓女特定人群外，肺炎衣原体肺炎MIF肺炎衣原体单一抗原可用于血清学诊断，即无需同时检测沙眼衣原体和鹦鹉热衣原体抗体。血清学诊断标准如下：MIF试验IgG≥1∶512和(或)IgM≥1∶32，排除类风湿因子(RF)假阳性后可诊断为近期感染，双血清抗体滴度4倍以上也可诊断为近期感染。1∶16≤IgG<1∶512既往感染。<1∶512为既往感染。
