皮肤粘膜淋巴结综合征是一种温毒热病，因此治疗主要是清热解毒，促进血液循环，消除血瘀。早期凉爽透明，中期凉血透气，后期热退气应益气养阴。
一、卫气同病
证候征：疾病突然，持续高烧，微风，口渴饮酒，红眼睛，咽红，手掌脚底红，面部、躯干出现皮疹，或颈部淋巴结肿大，或伴有咳嗽、轻度腹泻、舌红、苔藓薄白、指纹紫色或脉冲。
治疗方法热解毒。
方药：银翘散白虎汤加减。
二、气营两烧
证候:强热不退，昼夜重，咽红眼红，唇干裂，烦躁或嗜睡，皮肤斑疹，或关节疼痛，单侧或双侧颈部淋巴结肿大，手脚硬肿，掌跖和指趾发红，然后指趾脱皮，舌质发红，如杨梅，舌苔发黄，指纹紫或脉数强。
治疗：清气凉营，凉营化瘀。
方药：清营汤加减。
三、气阴两伤
证候:身热已退(或有低热留恋)，倦怠乏力，经常出汗，手脚肿胀，红斑消退指尖末端沿指甲与皮肤交界处出现薄片或膜状脱屑，口渴饮酒，舌红少津，苔薄白，指纹紫，脉细数。有些孩子可以看到心悸、脉结代等。
治疗：益气养阴，清除余热。
方药：沙参麦冬汤或竹叶石膏汤加减。
