疣状表皮发育不良没有特殊治疗，可以参考疣的治疗。电干燥或刮除可以消除较小的皮肤损伤，但大多数都不满意。液氮冷冻、激光、微波治疗或X线照射等，但过量X线照射对HPV-5皮肤损伤可能会致癌。癌症发生时，应进行抗肿瘤治疗，或通过手术切除恶性损伤。
本病需要密切观察是否有鳞状细胞癌或癌前病变，一旦发展，应立即手术或其他切除方法。建议使用有效的防晒霜，避免过度暴露在阳光下。氟尿嘧啶可用于本病（5-Fu）软膏，也可以用聚肌胞注射液肌内注射，一周两次。A酯可用于治疗本病，常能取得良好的临床疗效。
