颅骨骨髓炎的治疗应在抗菌治疗的同时进行手术，切除失去活力和血液供应的病骨。单靠抗感染治疗是没有效果的。治疗分为三个阶段：
1、急性期
应用大剂量广谱抗生素治疗。如果头皮下或骨膜脓肿已形成，应尽快拆除伤口缝线或切开引流，注意伤口深处是否有污垢，取出失去活力和血液供应的游离感染骨片。
2、慢性期
手术清创，切除窦道，刮去感染性肉芽组织，切除死骨，咬去炎性骨，直至正常颅骨，术中用抗生素溶液冲洗。缝合头皮伤口或大部分缝合，皮下排水，术后抗生素治疗，直至伤口愈合。如果硬膜下脓肿合并，应同时排水。
3、手术方法
在局部麻醉或全身麻醉下进行手术，以病变为中心，或通过窦道直线或“S”形状切口，打开头皮自炎颅骨，去除感染性肉芽和死骨，切除病变区域的病骨。由于板障血管已形成血栓形成，感染性颅骨一般出血较少。损伤区域的骨骼松散易碎，周围又厚又硬。所有病骨均应切除，直至正常颅骨板障暴露，硬脑膜外的炎性肉芽和脓液也应刮擦干净，一般暴露正常硬脑膜0.5～1.0cm为度，但切勿穿破硬脑膜。创面用含庆大霉素1500U/ml溶液冲洗溶液，然后缝合整层头皮，皮下橡胶排水24h。急性感染时，切口可松开缝合，并放置橡胶引流管，以备术后引流、给药和冲洗。
