目前，短肠综合征的原因有很多，大致可以认为是这样。由于各种原因广泛的小肠切除术，小肠消化吸收面积突然显著减少，残余肠道不能吸收足够的营养来维持患者的生理代谢需求，导致整个身体营养不足、水电解质紊乱，然后出现器官功能下降、代谢功能障碍、免疫功能下降，由此产生一系列综合征。成人短肠综合征是由小肠反复发作的疾病引起的。如克罗恩病、放射性肠损伤或反复肠梗阻、肠瘘、肠膜血管梗死、急性肠扭转、创伤性血管破裂、中断等血管疾病，大量小肠因缺血坏死。
一般来说，很少看到的情况是：由于消化性溃疡治疗中胃回肠的错误，医学来源类似于广泛的小肠切除术后的临床症状。儿童多为先天性因素，如腹裂、肠闭锁、坏死性小肠结肠炎等。这些都会使小肠长度不足，从而保持足够的营养吸收。
