呕吐、严重腹泻等疫毒性痢疾儿童可并发水和电解质紊乱(脱水、酸中毒、低钾、低钠、低钙等)。慢性疫毒性痢疾有许多并发症,主要是由营养不良和免疫功能低下引起的。最常见的是营养不良和营养不良水肿,缺乏各种维生素和微量元素,表现为干眼病、营养不良贫血、佝偻病,严重的可能是脚气病和坏血病。后者在中国很少见到。深肠溃疡可导致大量肠道出血,频繁腹泻可导致肛门脱垂,抗生素过长可导致肠道菌群紊乱或合并真菌感染。个别严重营养不良儿童肠溃疡不能长期修复,可发生肠穿孔。

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