1.醋酸白试验:用3-5％醋酸外涂疣体2-病变部位变白5分钟，肛门病变可能需要15分钟。本试验的原理是蛋白质和酸凝固变白，HPV感染细胞产生的角蛋白不同于正常的未感染上皮细胞，只有前者才能被醋酸脱色。醋酸白试验HPV敏感性高，优于常规检测观察组织学变化。
2.免疫组织学检查:常用的过氧化物酶抗过氧化物酶(即常用的过氧化物酶(即)PAP），为了证明疣损伤中有病毒抗原，湿疣中的病毒蛋白显示。HPV当蛋白质呈阳性时，浅红色弱阳性反应可发生在痤疮的浅表上皮细胞中。
组织化学检查：取少量病变组织制成涂片，用特殊抗人乳头瘤病毒抗体染色。如果病变中有病毒抗原，抗原抗体结合。抗过氧化物酶（PAP）在这种方法中，核可以染成红色。该方法特异性强，速度快，有助于诊断。
4、病理检查：主要是角化不全、棘层高度肥厚、乳头瘤样增生、表皮突增厚、延长，增生程度可与假性上皮瘤样相似。刺细胞和基底细胞有相当数量的核分裂和癌变。
5、基因诊断：迄今，HPV传统病毒培养和血清学技术检测难度大，核酸杂交是主要的实验诊断技术。近年来发展起来PCR该方法具有特殊、敏感、简单、快速等优点HPV检测开辟了新的途径。
