衣原体尿路感染的临床检查方法主要包括尿道分泌物涂片镜检和病原体检查，具体如下：
1.检查尿道分泌物涂片
(男性患者可以从阴茎根部轻轻按压尿道，以获得更多的分泌物；无分泌物患者留下晨尿离心进行沉渣镜检查)(400×)10~15个白细胞以上，油镜下(1000×)5个以上白细胞，无革兰阴性双球菌，应高度怀疑该病。
2.病原学检查
沙眼衣原体培养需要特殊的实验条件，难以广泛应用。目前，采用免疫荧光或免疫酶标技术观察特异性单克隆抗体染分泌物涂层，阳性率达到90％聚合酶链反应等核酸扩增法(PCR)与连接酶链反应(LCR)有极好的敏感性。但PCR不建议确诊病人是否治愈，至少不要用于治疗结束后2周内的病人，PCR结果阳性持续时间比培养法长。
