假膜性肠炎是由两种菌群产生的毒素引起的。
1.梭状芽孢杆菌难以辨别
假膜性肠炎是与抗生素相关的重要原因。1935年由Hall严格厌氧的革兰阳性杆菌首先从婴儿粪便中分离出来。这种细菌是体内常驻细菌，存在于正常人的肠道中。在未接受抗生素治疗的患者中，难辨性梭状芽孢杆菌的数量仅占厌氧菌的比例2％～3％，细菌产生的毒素较少，甚至不产生致病毒素。
2.凝固酶阳性的溶血性耐药金黄色葡萄球菌
当使用大量的广谱抗生素（如土霉素、氯霉素、四环素、氨萘青霉素、先锋霉素等）时，抑制肠道中包括大肠杆菌在内的各种菌群，而耐药的金黄色葡萄球菌繁殖产生大量的外部毒素，导致假膜性肠炎的发生。用革兰染色这些病人的粪便涂片可以找到成堆的球菌，比如将这些细菌产生的毒素注射到动物身上。
正常情况下，胃肠道是一个平衡的生态系统，肠道中有大量的细菌，这些细菌的种类和数量基本上是恒定的。这些细菌有助于细菌本身及其抗体抵抗感染。一旦某些因素使系统失去生态平衡，就会导致疾病。抗生素最容易产生菌群失衡，因此是假膜性肠炎的重要原因之一。假膜性肠炎最常见的抗生素是氨萘青霉素、氯林可霉素和头孢菌素。青霉素、红霉素和复、红霉素和复方新诺明。偶尔会引起氯霉素、四环素、甲硝唑和氨基糖苷。癌症和手术是一个重要的易感因素。
