血管母细胞瘤胚胎残余组织起源于中胚叶细胞，可选择两种基本治疗方法：
1.切除影响大脑或脊髓的肿瘤。如果患者的血管母细胞瘤可以完全切除，且不属于疾病分类vonHippelLindau的话，这个病患就算是治愈了。
在一些典型的囊泡血管母细胞瘤患者中，只有固体肿瘤需要去除。至于囊泡肿瘤，在手术中排出，肿瘤去除后会消失。
如果血管母细胞瘤不能完全切除，肿瘤可能会再次生长或产生更多的囊泡。任何大脑或脊髓手术都是侵入性的，并有一定的风险，如中风、感染、麻醉并发症或神经缺损。然而，通过今天的神经外科设备，大多数血管母细胞瘤都可以安全地移除。
2、相对於开脑手术，立体定位放射线手术可以用来定位和破坏血管母细胞瘤。
单剂量放射手术会导致细胞逐渐死亡，然后细胞自然萎缩。在血管母细胞瘤患者中，只有固体肿瘤需要通过放射手术切除；囊液量会慢慢减少，最后囊泡会逐渐减少。
