各类黑棘皮病组织病理变化相同，表皮角化过度，乳头瘤样增生，基底细胞层色素增多是其典型特征。组织图像类似于扁平的脂溢性角化症和表皮痣。根据组织病理学，可以通过测定三个指标来检测是否患有黑棘皮病。黑棘皮病是通过组织病理临床诊断的，最常用的是尿核黄素肌酐测定、尿排泄负荷测试和红细胞谷胱甘肽还原酶(EGR)测量活性系数有三种方法。
1. 尿排负荷试验
口服核黄素5毫克后，收集4毫克h尿液测量μg4h缺尿者，400～799μg4h尿者不足。<400μg4h尿者为缺乏，400～799μg4h尿者为不足。
2. 尿核黄素肌酐测定
收集任何尿样，用每克肌酐相对量表示尿中维生素B2.结果μg肌酐缺乏，27～79μg肌酐不足。<27μg肌酐者为缺乏，27～79μg肌酐者为不足。
3. 红细胞谷胱甘肽还原酶(EGR)测定活性系数
EGR是一个以FDA黄素蛋白、维生素是辅基B2缺乏时活性下降，如体外手柄FDA加入含EGR红细胞溶解在血液中，可以恢复活性。活性与原始活性的比为EGR的活性系数AC。AC值>1.20者为缺乏。
