埃博拉病毒病主要损害肝、脾、肾等器官；部分患者有肌痛、乏力、化脓性腮腺炎、听力丧失或耳鸣、结膜炎、单眼失明、葡萄膜炎等损伤，可并发心肌炎、肺炎等疾病。
心肌炎的症状是胸闷、心前隐痛、心悸、疲劳、紧急、腹痛、恶心、呕吐、头痛、头晕、肌肉疼痛、关节疼痛、尿少、尿闭等。有些患者可能有神经系统症状。除常见的心律失常外，心肌炎患者大多是进行性心力衰竭。体格检查显示心脏扩张，与体温不相称的心率增加或心率减慢。可能有瓣膜相对关闭不完全的噪音，舒张期的噪音往往是由相对二尖瓣狭窄引起的，也可能有心包摩擦、交替脉搏、各种心律失常和肺罗音。还可能有肝下肢凹陷水肿和血压下降。
肺炎的特点是发烧伴胸痛、咳嗽、痰多、喘息、呼吸困难等。由于肺充气减少会导致低氧血症，因为过度通气会导致呼吸性碱中毒。偶尔出现恶心、呕吐、全身不适、肌肉疼痛等症状。
