关于病因的理论很多，到目前为止还没有定论。大多数人认为这是一种先天性疾病。也有人认为参与形成获得性因素。主要有三种理论：
1.先天性异常理论认为，在胚胎发育期，原始胆管细胞增殖成一个索状实体，然后逐渐空化贯通。如果一些上皮细胞过度增殖，当空气泡沫再次通过时，就会过度空气泡沫扩张。一些学者认为，胆管扩张的形成需要先天性和获得性因素的共同参与。胚胎期胆管上皮细胞过度增殖和过度空气泡形成引起的胆管壁发育薄弱是先天因素。此外，后天的获得性因素，如继发于胰腺炎或壶腹炎症的胆管末端梗阻和随后的胆管内压力增加，最终会导致胆管扩张。
2.胰胆管合流常理论认为，由于胚胎期胆管与主胰管分离不正常，两者之间的交界处与缺乏特殊性(Vater)壶腹较远，胰胆管共通道过长，主胰管与胆总管的江合角度几乎直角相交。因此，胰管胆管的一致部分不是十二指肠乳头，而是在十指肠壁外，局部没有括约肌，导致括鸡功能丧失，导致胰液和胆汁相互回流。当胰液分泌过多，压力增加时，胆管扩张。近年来，逆行胰胆管造影证实胰胆管合流高达90～100％；发现扩张胆管中淀粉酶含量增加。在动物实验中，淀粉酶、胰蛋白酶和弹性蛋白酶的活性增强，这可能是胆管损伤的主要原因。
3、病毒感染理论认为，胆管闭锁、新生儿肝炎和胆管扩张是肝胆系炎感染的原因。病毒感染后，肝脏发生巨细胞变性，胆管上皮损伤，导致管腔闭塞（胆管闭锁）或管壁薄弱（胆管扩张）。但支持这一说法的人数已经减少了。
