小叶肺炎主要是由细菌感染引起的，通常是由多种细菌混合感染引起的。几乎所有能引起支气管炎的细菌都会导致这种疾病。常见的致病菌通常是口腔和上呼吸道中致病性较弱的常驻寄生菌，如肺炎链球菌、葡萄球菌、绿脓杆菌、大肠杆菌、流感嗜血杆菌等。急性传染病、营养不良、寒冷等一些原因会降低身体的抵抗力，损害呼吸道的防御功能，增加粘液分泌，这些细菌会侵入细支气管和外周肺组织并繁殖，导致小叶肺炎。病原体大多通过呼吸道侵入肺组织，只有少数通过血道引起疾病。一些长期卧床的患者，如大手术和心力衰竭，由于肺血液循环缓慢，导致肺充血和水肿，加上血液本身的重力作用，使侵入的致病菌容易繁殖，导致坠积性肺炎(hypostaticpneumonia)。由于某些原因，全身麻醉、昏迷患者和一些溺水者或胎儿经常误吸入分泌物和呕吐物进入肺部，导致吸入性肺炎(aspirationpneumonia)。这两种肺炎也属于小叶肺炎。
