最常用的药物分为以下几类：
抑制胃酸分泌：目前主要有临床H2受体拮抗剂（H2-RA）以及质子泵抑制剂（PPI）。H2-RA西咪替丁、雷尼替丁、法莫替丁、尼扎替丁等常用于抑制基础和刺激性胃酸分泌；PPI关键酶作用于壁细胞胃酸分泌的最终步骤H+-K+ATP酶，使其不可逆失活，具有更强的抑酸作用和持久的作用。PPI适用于各种难治性溃疡或NSAID溃疡患者不能停用NSAID治疗时，也可与抗生素协同作用，可用于治疗幽门螺杆菌，因此是胃溃疡的首选。PPI有奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、埃索美拉唑、艾普拉唑等。
2、粘膜保护剂：目前不再是治疗溃疡的一线药物，但与抑酸药物结合后，可以提高溃疡愈合质量，减少溃疡复发，如硫糖铝、胶体铋、柠檬酸铋钾、米索前列醇等。
3.胃肠动力药:主要用于恶心、呕吐、腹胀等症状的患者，促进胃肠排空，缓解症状。
