流产的原因有很多，非常复杂。染色体异常、内分泌异常、子宫发育不良或畸形是早期完全流产的常见原因。主要有以下几个方面:
1、染色体异常包括染色体数量异常，如单体、三体和多倍体；断裂、缺失、易位等结构异常可导致流产。有人研究了自然流产和治疗性流产，发现核异常占自然流产的比例60％。核异常伴有胎儿或胎盘等结构异常。正常核流产的胎儿更正常。
雌激素过多和孕酮不足也是早期流产的原因。因为在怀孕期间12～14周正处于胎盘形成代替妊娠黄体功能的时期，易有内分泌失调，尤以黄体功能不足。此外，甲状腺素缺少，使细胞的氧化过程遭受障碍，以及甲状腺机能亢进与糖尿病等皆易发生流产。
3、胎盘异常和胎盘内分泌不足早期妊娠蜕膜炎可导致底蜕膜出血或增生，绒毛上皮细胞和蜕膜细胞溶解，绒毛内血管阻塞，影响营养物质的吸收和运输，导致妊娠卵从附着部位分离出血流产。此外，胎盘内的巨大梗死可降低胎盘功能，影响胎儿生存；前置胎盘和胎盘绒毛水肿变性导致流产的情况并不少见。妊娠后母血β-hCG、hPL、P、E2、雌酮，如果这些激素值在早孕时下降，50％流产。
四、血型不适合以前怀孕或输血。Rh因素，不合ABO血型因子在母亲体内产生抗体，胎盘进入胎儿，与红细胞凝聚，导致流产。
5、恐惧、严重精神刺激等精神和神经因素也会导致流产。近年来，研究认为，噪声和振动对人类生殖有一定的影响。
由母体全身性疾病引起的早期全流产有三种。
1.严重的急性传染病和传染病:如大叶性肺炎，多伴高烧导致子宫收缩或/和胚胎死亡。
2、慢性病：严重贫血、心脏病、心力衰竭可导致胎儿缺氧、窒息、慢性肾炎、严重高血压可导致胎盘梗死或早剥和流产。
3.营养不良或药物中毒：如维生素缺乏，尤其是维生素E—生育醇的缺乏，汞、铅、酒精及吗啡等慢性中毒，均可引起流产。
七、生殖器官疾病子宫畸形，如双角子宫、子宫腔纵隔，常为流产原因。
近年来，免疫因素与免疫因素密切相关。
