胎儿酒精综合征是无法治愈的，因为中央神经系统的损伤是永久性的，但治疗仍然是可能的。由于中央神经系统的损伤、症状、次级障碍和需求会因不同的人而异，因此没有统一的治疗方法。相反，基于患者需要的综合和多模型方法是有效的。现在使用了几种治疗方法，许多研究认为多种治疗方法可以改善负面影响。
传统的药物治疗（即精神药物）经常被使用，因为许多胎儿酒精综合征的症状会被误解为其他障碍或重叠，最明显的是注意力不足过动症。例如，如果患者被忽视，没有完成家庭作业，不能坐下，很容易被诊断为注意力不足过动症，特别是当患者没有诊断胎儿酒精综合征时。一般的做法是介绍给儿科医生，儿科医生可能会建议尝试使用利他能。药物治疗胎儿酒精综合征很重要，但必须与其它治疗方法一起使用，以应对各种障碍。
