1.感染因素
早期曾认为与病毒和细菌感染有关，但都没有确凿的证据。
2.精神和神经因素
由于环境、家庭、工作、个人生活等原因，患者的身心活动受到影响，精神创伤、紧张、焦虑、抑郁等，导致心理、病理、生化代谢等一系列变化和紊乱。
三、内分泌因素
女性患者较多，疾病波动与妊娠、更年期和一些影响内分泌功能的药物有关。雌二醇和睾酮含量低于正常人。
4、微量元素
检测患者头发微量元素时，发现锌、碘等，均低于正常，镍高于正常。
5.系统性疾病因素
扁平苔藓患者大多伴有各种全身性疾病或症状。许多患者的发病率和发展与糖尿病、肝炎、高血压、消化道功能障碍等一些系统性疾病有关。
6.局部刺激因素
不同的金属修复体在口腔内形成电位差。此外，刺激填充物会引起口腔粘膜苔藓样的变化。
7.遗传因素
有人发现本病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA(人类白细胞抗原)研究。家族扁平苔藓患者携带的HLA类型基因明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，表明扁平苔藓的发病可能与遗传因素有关。
8.免疫因素
现在大多数人认为扁平苔藓是由免疫功能低下引起的，这可能会导致对未知病毒的敏感性，并提出患者有体液免疫障碍。其他学者认为糜烂性扁平苔藓IgA基底膜区沉积免疫复合物水平较高，表明细胞免疫参与扁平苔藓发病。
