治疗本病时应注意以下几点：
首先，严格掌握糖皮质激素和广谱抗生素的应用。
二、积极治疗原发病，加强支持治疗，提高免疫力。
三、病原体治疗
1.隐球菌脑膜炎患者
(1)使用二性霉素B加5-氟胞嘧啶联合治疗具有协同作用。
(2)咪康唑(双氯苯咪唑)常用于不耐二性霉素B患者，或治疗效果差的深真菌患者。咪康唑有效感染念珠菌、曲菌、隐球菌、组织胞浆菌或环孢子菌。
(3)氟康唑具有广谱抗真菌作用，可通过血脑屏障口服200mg，一天1~2次，效果好。
2.轻度肺隐球菌病患者
轻度肺隐球菌病患者不需要抗真菌药物，可口服酮康唑200mg～400mg/d。
