肛周脓肿是肛肠科的急重症，需要及时治疗。只有少数肛周脓肿患者可以通过抗生素、热水浴和局部理疗消散，但大多数都需要手术治疗。肛周脓肿手术有两种方法：
1.单纯性肛周脓肿的治疗可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻在脓肿处做放射性切口。脓液释放后，伸入食指检查脓腔大小，分开间隔。必要时，切开切口边缘的皮肤，以促进排水。最后，将凡士林纱条放入脓腔进行排水。
2、治疗肛周脓肿与肛瘘相连的肛周脓肿，可用探针仔细检查内口，然后切除瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍微切除，使排水顺畅。如果内口较深，瘘管可以通过肛管括约肌进行挂线治疗。上述手术的优点是脓肿在第一阶段治愈，不再形成肛瘘。但在急性炎症中，当难以找到内口时，不应盲目寻找，以避免炎症扩散或形成假通道，只切除脓液，形成肛瘘后，再进行肛瘘手术。第二阶段手术的优点是效果准确，治愈率高。
一旦形成深脓肿，内部压力逐渐增加，此时应进行早期手术，不仅能使脓腔早期愈合，防止扩散，而且不易形成肛瘘，即使形成肛瘘，也更容易治疗。因此，深肛周脓肿必须尽快进行手术。
