淋菌性结膜炎分为新生儿和成人淋菌性结膜炎。
成人淋菌性结膜炎的潜伏期从10小时到2~3天不等，双眼或单眼发病。急剧发展到浸润期，眼睑高度红肿和疼痛；眼睑结膜高度充血，伴有小出血点和假膜形成；球结膜水肿，严重者突出眼睑裂外；耳前淋巴结肿痛。在疾病开始时，分泌物是浆液或血液，结膜刮片证明上皮细胞中有许多淋球菌。大约3~5天后，眼睑肿胀减轻变软，取而代之的是大量脓液分泌物，从眼睑裂缝流出，是脓液泄漏期。此时，分泌物中有大量的淋球菌。约2~3周后，脓液分泌物逐渐减少，但仍含有淋球菌，具有传染性；结膜水肿消退，眼睑结膜高度肥大，乳头肥大，表面粗糙，可持续数月。然后，炎症消失了，眼睑结膜上留下了深疤痕。角膜并发症几乎是不可避免的，除了角膜上皮点荧光素染色外，角膜周围的实质浅层可以看到部分或完全浅层。角膜溃疡的渗透区域与免疫区域相似，有轻微的透区域。
新生儿淋菌性结膜炎是新生儿眼炎中最严重的患者，曾经是盲儿的重要原因。潜伏期2~5天内多为母亲产道感染，7天后为产后感染。临床表现为严重的急性结膜炎，早期眼睑和球结膜水肿、充血、水样分泌物、血清、血性分泌物，但进展迅速，几小时后进入脓液泄漏期，有大量脓性分泌物。严重的眼睑球结膜水肿和炎症。角膜变暗，周围渗透，溃疡，或中央溃疡。溃疡穿孔，虹膜脱落，眼炎，视力丧失。
