颅骨裂及相关畸形的治疗方法主要是神经外科矫形，但大多数严重的器质性畸形难以治疗，<0.5cm脑动静脉畸形（AVM）可给予γ-刀治疗。虽然脑膨出不一定威胁生命安全，但从脑发育角度看，最好在1岁内手术治疗，太晚不仅影响脑发育，而且会对患儿造成严重心理障碍，并可因感染和颅面畸形的加重而使问题复杂化。
一般情况下
本病一般应手术治疗，但大量脑组织突出囊内，肿块巨大者为禁忌。囊壁破裂，未发生脑膜炎的，应紧急手术。
2.枕部膨出
儿童可在出生后6~12个月内进行手术，可切除多余的脑组织，骨膜翻转修复颅骨缺损，皮肤切除不能过多，防止缝合时张力。
3.鼻根膨出
这种肿胀可以在1岁后进行手术。采用颅内入路法，切除突出的脑组织，用术前准备的有机玻璃片或钛片填充颅骨缺损，然后用筋膜片缝合固定。必要时，鼻根皮肤可再次整形。
4.眶部膨出者
这类患者可以通过颞下入路进行修复。
