氯喹应用一般治疗剂量的副作用，可有恶心、呕吐、口腔、上腹烧灼感、头痛、头晕、耳鸣、视力障碍、皮肤瘙痒、紫癜、皮疹等。；偶尔不自主运动、心室颤动；误用大量中毒时，可出现呼吸脉搏加速、血压下降、嗜睡、昏迷、惊厥、心律失常；甚至阿拉伯-斯综合征(这种情况偶尔见于一般治疗剂量)导致心脏骤停或呼吸衰竭；此外，葡萄糖-6-磷酸脱氢酶缺乏病儿应用氯喹后可发生溶血而致急性肾功能衰竭。
长期用药可引起视网膜疾病、视力模糊、复视、畏光甚至失明、耳鸣、耳聋等视觉障碍；其他皮疹、皮炎、紫癜、脱毛、色素沉着或白发；白细胞、粒细胞、血小板或全血细胞减少、中毒精神疾病；少数病例出现肌无力、眼睑下垂、咀嚼和吞咽困难。
