由于肠道病毒血清型过多(近70种)，未能制成有效可行的疫苗，预防措施远低于脊髓灰质炎。
1理传染源
患者应隔离2周，传染源管理应集中在托儿所和产房；患有肠道病毒性疾病的孕妇对新生儿构成巨大威胁，应注意隔离。
2.切断传播途径
加强饮食管理和个人卫生，避免在污水中游泳，避免污水污染或苍蝇爬过的食物。自来水应在饮用前煮沸。因为病毒可能从患者的口咽部排出，所以在接触这些患者时应该戴口罩。在流行期间，减少集体活动。便需要添加20％混合后，生石灰与含氯石灰混悬液等量2h，可排入下水道。
保护易感者
接触患者的婴儿可以在肌肉中注射丙种球蛋白3~6ml，为了预防感染，老年人和年轻人不必使用。口服脊髓灰质炎疫苗OPV也可以试用，利用肠道干扰，可以控制脑膜炎的流行。柯萨奇的应用B在高危人群中，组病毒制成的疫苗可以预防婴儿心肌炎的流行。
