复旦大学附属儿科医院临床免疫科始于1979年成立的免疫研究室和随后成立的免疫专科门诊。2013年正式成立包括门诊、病房和实验室的临床免疫科。是国内从事小儿免疫工作的重点单位之一。是国内最早开展原发性免疫缺陷病、食物过敏的诊治及基因诊断的单位之一。现有全职临床医生9人，技术人员5人。其中主任医师2人，副主任医师2人，主治医师4人。科室包含免疫实验室，临床免疫病房以及免疫专科门诊，食物过敏，原发性免疫缺陷病专病门诊。具备全面的儿童免疫性疾病诊断和治疗体系。诊治疾病包括各种原发性免疫缺陷病；食物过敏、药物过敏等各种严重难治性过敏症；各类免疫相关性疾病，继发性免疫低下，反复（呼吸道）感染，预防接种不良反应。每周一至五均设有免疫门诊。