南方医科大学深圳医院是新医改形式下，由深圳市政府按照三甲医院标准投资新建的一所公立医院，按照“管办分离”的模式委托南方医科大学全面管理，成为南方医科大学第六所直属附属医院。是深圳市政府实施医疗卫生“三名工程”和政校合作推进公立医院改革的重大项目，由深圳市政府提供医院运营和可持续发展的政策与经费支持。

医院按照国际一流标准设计、建设，规划总床位为1500张。一期工程投资17亿元，总占地面积82412㎡，总建筑面积171204㎡，展开1000张，设计日均门诊量8000人次。医疗设备投入5个亿，自动化、信息化投入1.5亿元。预计2015年6月底开业运行。

医院位于深圳前海的生活休闲区，是前海深港合作自贸区医疗、教育配套服务项目之一，紧临深圳机场、香港机场，汇聚港深西部快速轨道、穗莞深城际线、地铁1号线、5号线、11号线等多条轨道线，具有独特的区位优势和战略地位。

南方医科大学前身为中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月转制整体移交广东省，更名为南方医科大学。现有校本部、顺德校区两个校区、六所直属附属医院（南方医院、珠江医院、第三附属医院、中西医结合医院、第五附属医院、深圳医院）。有院士3名、国家重点学科以及重点培育学科5个、国家临床重点专科16个。

南方医科大学深圳医院将以南方医科大学整体资源为依托，以全校优势学科为牵引，继承深圳改革开放的基因，依托前海国家战略平台，发挥深圳国际化办医的先天优势，用五年时间建成集医疗、教学、科研为一体的三级甲等临床科研型综合性医院，成为深圳市分级医疗的“塔尖”医院和辐射东南亚的医疗中心，为深圳市人民的生命健康，城市的可持续发展做出贡献。