黑龙江中医药大学附属第二医院的前身为成立于1963年的黑龙江中医学院附属医院门诊部，1992年成立黑龙江中医学院附属第二医院，并在全国中医院校中率先实行"院系合一"管理体制，1997年，更名为"黑龙江中医药大学针灸推拿学院暨附属第二医院"，2011年，黑龙江中医药大学康复医学院成立，落户黑龙江中医药大学附属第二医院。黑龙江中医药大学附属第二医院是集医疗、教学、科研于一体，突出中医针灸、推拿、康复特色的综合性三级甲等中医医院，黑龙江省针灸推拿康复医疗中心，全国中医中风病医疗中心建设单位、国家首批重点中医院（现代化中医医院）建设单位，国家中医医院中医药文化建设试点单位。

医院占地面积8500余平方米，总建筑面积42591平方米，设有针灸、推拿、康复、骨伤、内、外、妇、儿等41个临床科室，医技科室5个，三个中心，编制床位800张，开放床位床位996张。医院现有员工937名，专业技术人员455名。高职专家教授149人,享受国务院、省政府特殊津贴5人，省级优秀中青年专家2人，省卫生系统有突出贡献中青年专家7人，省级名中医15人，博士、硕士研究生导师91人。

医院针灸学学科、中医康复学学科、推拿学学科、中医老年病学学科为国家中医药管理局重点学科；中医预防医学学科为国家中医药管理局培育学科；针灸推拿学学科、中医康复学学科、中医妇科学学科、中医骨伤科学学科为黑龙江省级领军人才梯队；针灸推拿学学科、中医康复学学科、中医骨伤科学学科为黑龙江省重点学科（教育厅）；中医骨伤科学学科、中医推拿学学科、中医肝胆病学学科，中医痹病学学科、中医康复学学科为黑龙江省中医管理局重点学科。脑病科、康复科为国家中医临床重点专科，脑病科、康复科、妇科、针灸科、骨伤科为国家重点专科建设项目，重症医学科、临床药学为国家重点专科培育项目。针灸科、骨伤科、妇科、推拿科、老年病科、重症医学科、肾病科、癃闭、延髓麻痹、类风湿关节炎、痔疮、中风病、脊髓损伤、糖尿病足为黑龙江省中医管理局重点专科（专病）。现有3个全国名老中医药专家传承工作室（于致顺、孙申田、高维滨名医工作室）

学院（针灸推拿学院及康复医学院）现有七年制中医学（针灸推拿方向）、针灸推拿学、针灸推拿学（英语方向）、针灸推拿学（康复方向）、康复治疗学两个专业三个专业方向，其中省级重点专业1个。承担针灸推拿本科、专科、研究生、留学生等基础、临床教学和实习任务，并接受省内外及国外进修生。设有14个教研室，具有一级学科博士授权点1个、一级学科硕士授权点2个、二级学科博士授权点4个、二级学科硕士授权点9个。

近年来，医院获各级科技成果146项，其中国家级奖项1项、部省级奖项42项，获专利6项。"针刺项颈部腧穴治疗真性延髓麻痹的临床应用研究"项目荣获国家科技进步二等奖，结束了真性延髓麻痹不能治愈的历史，开创了中医针刺方法治疗疑难危重症的新领域。

医院先后荣获："省平安建设平安医院"、"黑龙江省卫生文化建设先进单位"、全国教科文卫体"抗震救灾工人先锋号"、"全省卫生系统民主评议医院行风工作最佳单位"，"黑龙江省卫生系统创建群众满意医院活动先进集体"、"全国模范职工小家"、"黑龙江省文明单位"、"省中医药工作先进集体"、"省爱国卫生先进单位"、"黑龙江省教育系统三育人先进集体"、"全国中医药系统创先争优活动先进集体"、"全国中医药应急工作先进集体"等荣誉称号。