山东中医药大学第二附属医院的前身是济南铁路中心医院，创建于1904年，是山东省首批、济南市第一家综合性三级甲等医院，2004年12月整建制移交山东中医药大学管理，成为山东中医药大学第二附属医院暨第二临床医学院。2007年9月，被山东省政府确定为山东省中西医结合医院，成为全省唯一的省级中西医结合医院。国际爱婴医院、国家中医药管理局“治未病”预防保健试点单位、国家中医药管理局批准纳入全国重点中西医结合医院建设单位。

医院占地总面积5.18万平方米，建筑面积7.34万平方米。拥有先进的超导型磁共振、多层螺旋CT、DSA、ECT、DR、数字胃肠机、心脏彩超、超级准分子激光仪等大型医疗设备，是集医疗、教学、科研、预防保健、康复为一体的综合性医院。医院现有职工1169人，其中专业技术人员1013人，高级职称194人，博士后、博士、硕士161人，教授、副教授132人，博士生、硕士生导师27人；拥有享受国务院特殊津贴专家、国家优秀中医临床人才、山东省泰山学者特聘教授、山东省有突出贡献中青年专家、山东省名老中医药专家、山东省千名知名技术专家、山东省中医优秀学科带头人、山东省卫生系统杰出学科带头人等高级医学人才15人；10人担任省级中医、中西医结合专业委员会主任委员，89人担任国家、省、市级专业委员会主任、副主任委员。

目前，医院下设40个临床医技科室、一个门诊部、一所施尔明眼科医院和8个社区卫生服务中心（站）。拥有国家中医药管理局“十一五”重点专科（病）2个（眼科、神经内科）、国家中医药管理局重点学科1个（中西医结合临床）、山东省泰山学者特聘教授设岗单位1个（眼科）、国家卫生部技术准入专科1个（生殖医学科）、国家工伤康复试点机构1个（康复医学科）、国家中医药管理局中医药科研三级实验室2个（视觉分析实验室、辅助生殖技术实验室）、山东省中医药管理局重点专科4个（神经内科、肾病诊疗中心、眼科、康复医学科）、山东省高校“十一五”重点实验室1个（中西医结合IVF实验室），山东中医药大学重点学科3个（眼科、妇产科、儿科）、山东中医药大学新办专业1个（眼视光学专业）、眼科学硕士学位授予点1个、省级社区卫生服务示范机构2个（二七办事处铁路社区卫生服务中心、白马山办事处铁路社区卫生服务站）、市级社区卫生服务示范机构4个（老屯、东郊、黄台、堤口办事处铁路社区卫生服务站），院级中西医重点专科10个（眼科、康复医学科、职业病科、骨科、神经内科、心血管内科、呼吸内科、内分泌科、肾病诊疗中心、生殖医学科），并设有济南市120急救分中心、脑血管病抢救治疗中心、血液净化中心、睡眠治疗中心、健康体检中心、健康保健中心等。

近年来，医院始终坚持“中西医结合、特色发展”的办院方向，完成国家级课题17项，省部厅级科研课题、成果223项，国家专利22项。先后获得山东省百佳医院、山东省卫生系统文明单位、山东省卫生系统诚信医院建设先进单位、山东省医疗保险目标规范化管理先进单位、济南市医疗保险目标规范化管理A级信用单位、山东省惠民医疗先进单位、全省医院管理和医政管理先进集体、全省卫生系统抗震救灾先进集体、全省中医工作先进集体和第十一届全国运动会医疗卫生保障工作先进集体等荣誉称号。

今后，医院将按照《山东省人民政府关于扶持中医药事业发展的意见》（鲁政发〔2009〕89号）精神，以创建全国重点中西医结合医院为目标，突出中医药特色，发挥中西医结合优势，完善综合服务功能，进一步提高医疗质量和服务水平，逐步建成功能齐全、特色明显、服务一流的现代化中西医结合医院，成为我省中西医结合医疗、教学、科研龙头单位，为弘扬祖国传统医学，促进经济社会发展和提高人民群众健康水平做出更大的贡献。