民航上海医院是1972年11月根据国务院、中央军委《关于批准民航组建四所各100张床位医院批复》的精神，于1973年5月经空军司令部后勤部同意后在上海西郊组建100张床位编制的医院。1984年1月6日正式开院，隶属民航总局，由民航华东地区管理局领导，医院编制为210人是华东地区唯一的航空医疗专业机构。1994年2月18日经上海市卫生局批准为二级综合性职工医院。1995年9月13日经上海市卫生局医院等级评申批准为二级乙等医疗机构，核定床位120张。