黄冈市第二人民医院由蕲州分部和黄州分部组成，其中蕲州分部地处大别山南麓，坐落在伟大的医药学家李时珍的故乡——蕲州城内凤凰山脚下，距李时珍陵园约4华里，占地面积160余亩，是一所综合性的市级医院。

黄冈市第二人民医院创建于上世纪50年代。1951年6月，“抗美援朝”战争爆发，湖北省人民政府接到中央关于收治志愿军伤员的指示，经省人民政府委员会主席李先念批示，决定在黄冈、大冶、孝感、襄阳、洪湖分别组建志愿军休养院。5月下旬黄冈专员公署根据指示，决定将院址设在蕲州城内原天主教堂及教会办的启明中学内。设病床400张。1951年7月1日,“中国人民志愿军湖北省黄冈休养院”正式成立。隶属湖北省人民政府志愿军休养院管理委员会领导。

1953年，大冶、襄阳、孝感三所志愿军休养院撤销，黄冈休养院改名为“湖北省卫生厅第二康复医院”，设病床500张，隶属卫生厅康复医院管理局领导。咸宁原第67军预备医院改为省第一康复医院，洪湖为第三康复医院。

1955年2月21日，经省人民政府批准，撤销第一和第三康复医院。第二康复医院改为“湖北省卫生厅康复医院”，设病床500张，隶属省卫生厅领导。

1958年1月，医院划归黄冈专员公署领导，改名为“湖北省黄冈专员公署康复医院”，接收黄冈公署地方干部住院休养。

1973年3月14日，医院更名为“黄冈地区第二人民医院”。

1977年11月，经湖北省革委会批准，建立“湖北医学院黄冈分院，校址设在黄冈地区第二人民医院，实行院校合一，党委领导体制，医院职能相应变为教学医院”。

黄州分部地处黄州高新技术开发区，创建于1992年，先后总投入3000多万元,占地面积2万余㎡，承担黄冈市公共卫生疾病的防治工作,为黄冈市传染病医院所在地。

黄冈市第二人民医院目前开设内科、外科、儿科、妇科、口腔科、耳鼻喉科、麻醉科、疼痛科、中医科、康复科、皮肤性病科等临床科室，以及检验科、放射科、胃镜室、病理室、B超室、心电图室、CT室等医技科室，医院医疗设备先进，配套齐全，现拥有美国GE9800型CT机、德国西门子G60S彩色多普勒超声检查仪、日本B超、彩色脑地形图机、日本奥林巴斯GIFV70电子胃镜、西门子500毫安双球管X光机、多功能麻醉机、高频电刀、臭氧离子空气消毒机、KD200B1型呼吸机、美国雅培全自动血液分析仪、自动生化分析仪、美国IRMA血气分析仪、优利特尿液分析仪、日本东亚KX—21N血球计数仪、洗胃机、TMQ－CVK型台式灭菌器、ZC9200A型全电脑连体式牙科综合治疗机、早产儿培养箱、XHZ—90型新生儿黄疸治疗仪、二氧化碳激光治疗仪、PC—8000产科监护仪器、日本磁力温热振动治疗仪等先进设备，并拥有一批高学历、高年资、临床经验丰富的专家及青年技术骨干，形成了独具特色的综合性质医院。