济南军区总医院是一所集医、教、研、预防、保健于一体的现代化综合性“三级甲等医院”，展开床位2000余张，设临床、医技科室58个。

医院现有6个全军医学专科（专病）中心，即神经内科中心、神经外科中心、小儿心脏外科中心、创伤骨科中心、肝硬化诊治中心、肾移植与透析治疗中心；5个国家（军队）基地，即国家药物临床试验基地，“军队冠心病介入诊疗培训基地”、“中华医学会显微外科技术培训基地”、“中华医学会消化内镜医师培训中心山东基地”、“全军血液净化专科护理培训基地”。医院是全军计划生育优生优育技术中心。6个军区医学研究所，包括心脏病、肾脏病、骨科、神经医学、肿瘤学、医学影像等研究所；另有10个军区中心，即消化内科、医学检验、心脏外科、妇科、眼科、口腔科、心血管内科、烧伤整形外科中心和血液中心、远程会诊中心。

医院的优势技术有：骨创伤外科，特别是手、足外科技术；组织器官移植（肾、肝、角膜、骨髓移植），其中肾移植技术及数量列全国前10位；四肢淋巴水肿（橡皮腿）的外科综合治疗技术；干细胞的培养、转基因技术在脊髓损伤治疗中的应用；脑血管病的微创手术，血管内介入治疗，功能性疾病的微创治疗，脑外伤的早期救治与功能康复。冠心病的复杂介入诊疗、先天性心脏病的矫治、血液净化技术、肾活检、肝硬化治疗、血液病治疗等在省内也具有较大优势。蔡锦方教授被评为“中国显微外科杰出贡献奖”。

医院拥有各类专业技术人员2000余名，其中高职专家287人，博士、硕士研究生导师71名，享受政府特殊津贴21名，全军高层次科技创新人才1名，军区高层次人才培养对象24名。医院博士后科研工作站在站博士后23人，并与全区6个单位10个专业学科建立了联合培养点，形成了“立足总院、辐射全区”的人才培养平台。

医院医疗设备总值4.7亿元。其中，PET-CT、ECT、320排CT、双梯度1.5T磁共振、检验流水线、DSA、超级伽马刀、三维超声等设备均达国际、国内先进水平。“十一五”期间我院共获各级各类科技成果奖107项，其中省部级二等奖27项，三等奖80项；统计源期刊论文894篇，SCI收录论文21篇，出版专著122部，发明专利15项、实用新型专利124项。蔡锦方教授被评为“中国显微外科杰出贡献奖”。

医院近年来连续被评为“全国百姓放心示范医院”、“全国医院感染管理先进单位”、“全国综合医院中医药工作示范单位”、“全军为部队服务先进医院”、“卫生信息化建设先进单位”、“爱民医院”、“省百佳医院”和“物价信得过单位”，被联合国儿童基金会评为“爱婴医院”，是山东省和济南市各类医疗保险、“新农合”定点单位。